Эндопептидазы (от эндо... и пептидазы), ферменты класса гидролаз; катализируют расщепление внутренних пептидных связей в белках и пептидах. Скорость гидролиза определенной пептидной связи разными Эндопептидазы зависит от субстратной специфичности фермента, пространственной доступности данной пептидной связи (особенно в случае, если субстратом является нативный, а не денатурированный белок) и не зависит от размеров молекулы субстрата (от длины полипептидной цепи). Субстратная специфичность Эндопептидазы заключается в способности данного фермента с наибольшей скоростью гидролизовать пептидные связи между определенными аминокислотными остатками. Например, химотрипсин с наибольшей скоростью гидролизует пептидные связи рядом с ароматическими аминокислотами, трипсин — с диаминокислотами и т. д. Эндопептидазы подразделяют на внеклеточные, выделяемые в пищеварительную полость у животных (например, энтеропептидаза) или просто во внешнюю среду (экзоферменты бактерий), и внутриклеточные, или тканевые. На свойствах Эндопептидазы основано их применение для определения первичной структуры белков.