Донская военная флотилия, начала создаваться в 1723 в Таврове для действий против турецких кораблей в Азовском море. К 1735 было построено 15 прамов — плоскодонных артиллерийских парусных судов, около 60 галер и др. Донская военная флотилия под командованием контр-адмирала П. П. Бредаля участвовала в русско-турецкой войне 1735—39, при взятии Азова, высадке и поддержке сухопутных войск в Крыму и др. В 1739 расформирована. Вновь создана в начале русско-турецкой войны 1768—74 и под командованием вице-адмирала А. Н. Сенявина успешно взаимодействовала с сухопутными войсками в Крыму, участвовала во взятии Керчи и Еникале (1771), после занятия Крыма отражала попытки турецких десантов в Крыму. Упразднена в 1783 с началом строительства Черноморского флота.

  Советская Донская военная флотилия существовала в марте—августе 1919, содействуя войскам Южного фронта в борьбе с белогвардейцами на Дону. Командовал Донская военная флотилия П. П. Делло (с мая Б. Ф. Корсак), комиссаром был А. В. Бабкин. В 1941 из состава Азовской военной флотилии выделился Отдельный Донской отряд кораблей, который участвовал в обороне устья р. Дон совместно с войсками 9-й и 56-й армий.